1953年4月成立的巴塘县人民政府司法科，乃巴塘县人民法院建制之始。1955年正式成立巴塘县人民法院。1967年由于十年动乱，巴塘县人民法院被迫中断审判活动，1974年1月巴塘法院正式恢复建制。1989年巴塘发生大地震，1993年重建家园，同年3月9日，巴塘法院办公大楼迁至安康大道。
内设综合办公室、政治部（督查室）、立案庭（诉讼服务中心）、综合审判庭（环境资源审判庭）、执行局、法警大队6个部门，一个人民法庭（措拉人民法庭），两个巡回审判收案点（中咱镇、地巫镇）。全院有中央政法专项编制48个，机关工勤编制3个。
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